Geführt wird das Werk durch den Geschäftsführenden Ausschuss, der am 8. Juni 2023 in der Mitgliederversammlung gewählt wurde. Seine Amtszeit beträgt 4 Jahre. Er ist für alle Angelegenheiten des Lutherischen Einigungswerks zuständig. Derzeit besteht er aus:
- Pfr. Falk Klemm (Vorsitzender)
- Prof. Dr. Armin Wenz (stellvertretender Vorsitzender)
- Johannes Schmoldt (Schatzmeister)
- stud. theol. Lucian Dörfel (1. Schirftführer)
- Pfr. Johannes-Christian Burmeister (2. Schriftführer)